Variatia individuală a genei ACE2 a receptorului SARS-CoV2 exprimare si reglare

23
februarie
2021

Jiawei Chen1*, Quanlong Jiang2*, Xian Xia2*, Kangping Liu1*, Zhengqing Yu1, Wanyu
Tao1, Wenxuan Gong2 and Jing-Dong J. Han1,2#
Chinese Academy of Sciences Center for Excellence in
Molecular Cell Science, Collaborative Innovation Center for Genetics and Developmental Biology,

REZUMAT

Coronavirusul SARS-CoV2 CovID19 care se răspândește în Wuhan și acum s-a dezvoltat la nivel mondial, s-a demonstrat că folosește enzima de conversie a angiotensinei 2 ACE2 ca receptor al celulei gazdă, precum coronavirusul sindromului respirator acut sever (SARS-CoV) din 2011.

Studiile Epidemiologice au constatat că sexul și grupele de vârstă diferite au susceptibilitate diferită la infecție, și severitate, precum și mortalitate foarte diferita a infecției cu virus, la bărbați, bătrâni și comorbiditati fiind cea mai accentuată. Analizând GTEx și alte date publice din 30 de țesuturi pe mii de indivizi, am găsit o expresie semnificativ mai mare la femeile asiatice în comparație cu bărbații și alte grupuri etnice, un ACE2 dependent de vârstă, scăderea expresiei cu varsta, și o scădere semnificativă a pacienților cu diabet zaharat de tip II.

În mod consecvent, cea mai semnificativă expresie cantitativă de loci (eQTL) care contribuie la expresia ridicată a ACE2 este aproape de 100% în Asia de Est, cu> 30% mai mare decât in alte grupuri etnice. Împreună cu îmbogățirea șocantă a infecției virale între genele anti-exprimate ACE2, penetrarea legată de infecția cu virus implica factorii de transcripție la regiunile de reglementare ale receptorilor ACE2, reprimarea expresiei ACE2 prin citokine inflamatorii și prin diabetul de tip 2 și inducerea de estrogen și androgeni (ambii scad odată cu vârsta) au stabilit o corelație negativă între ACE2 expresia și fatalitatea CovID19 atât la nivel de populație, cât și la nivel molecular.

Rezultatele noastre vor fi esențiale la proiectarea potențialelor strategii de prevenire și tratament pentru Coronavirusurile care se leagă de ACE2 în general.

Din decembrie 2019, un nou coronavirus CovID-19, denumit formal Sindromul respirator acut sever Coronavirus-2 (SARS-CoV2) 1, a explodat în Wuhan, provincia Hubei, China și s-a răspândit rapid în China și în întreaga lume. Începând cu 5 martie 2020, 80, 552 de cazuri au fost confirmate în China, 482 au fost suspectate, cu un număr alarmant de cazuri severe 2. În prezent, nu sunt aprobate clinic medicamente eficiente. Prin urmare, este esențial să se găsească strategii pentru a preveni infecția cu virus, în special severitatea și fatalitatea asociate cu acesta. SARS-CoV-2 aparține la fel ca și coronavirusul sindromului respirator acut sever (SARS-CoV) și s-a demonstrat că folosește același receptor, enzima de conversie a angiotensinei 2 (ACE2) pentru intrarea în celule prin vârful său de suprafață (S) proteina 3. ACE2 joacă un rol important în reglarea sistemului renină-angiotensină (RAS). Acționând ca o protează pentru scindarea angiotensinei II, ACE2 combate efectul angiotensinei II și menține tensiunea arterială, ritmul cardiac și presiunea osmotică 4,5. În ciuda faptului că nu servește ca receptor pentru alți viruși, cum ar fi virusul gripal H5N1, protejează, de asemenea, șoarecii împotriva ambelor SARS, H5N1 6, H7N9 7 și aspirația acidă indusă de leziuni pulmonare 8. Studiile de epidemiologie găsite printre cazurile cu virus pozitiv, bărbații sunt puțin mai decât femeile, dar sunt foarte distorsionate pentru majoritatea celor grav bolnavi și cu deces, în special pentru cei cu vârsta peste 60 de ani sau care au boli cronice precum diabetul de tip II (T2D) și hipertensiunea arterială 9-12 și sunt frecvent asociați cu inflamația sistemică sau furtuna de citokine 10,13-15. De exemplu, în analiza a 44.672 de pacienți confirmați în China până la 11 februarie, bărbații reprezintă 51,4% din totalul pacienților, dar 63,8% din decese, iar decesele la bărbați și femei sunt de 2,8% față de 1,7%, respectiv 16. Pacienți mai mari de 50 de ani reprezintă aproape jumătate din totalul cazurilor confirmate, iar majoritatea fatalităților sunt atribuite bărbaților bătrâni. La nivel global, Organizația Mondială a Sănătății a raportat 14.768 de cazuri confirmate de laborator în afara Chinei până la 5 martie 2020, distribuite în principal în regiunea Pacificului de Vest, Asia de Sud-Est, Europa și America de Nord și foarte puține cazuri în Africa 17, similar cu distribuția modelul anterior al SARS-CoV 18. Acestea sugerează că diferențele de imunitate, expresia genică sau chiar fundalul genetic pot contribui la susceptibilitatea diferită și severitatea infecției cu SARS-CoV2. În mod ciudat, în cazurile severe, multe țesuturi vitale, inclusiv cele cu ACE2 redus, sunt afectate grav de infecția cu SARS-CoV2 19. Deoarece ACE2 este un receptor de celule gazdă confirmat pentru SARS-CoV2 joacă, de asemenea, un rol important în reglarea sistemului renină-angiotensină (RAS). , am examinat dacă expresia ACE2 poate contribui la susceptibilitatea și severitatea bolii. Aici, am constatat prin utilizarea datelor GTEx mari, asocierea este opusă celei așteptate de la un singur rol receptiv / inductiv al ACE2, cu o expresie mai mare a ACE2 la femeile asiatice și scăzută semnificativ sau nesemnificativ în timpul îmbătrânirii în multe țesuturi, în concordanță cu expresie puternică ACE2 eQTL pozitive foarte răspândite în Asia de Est. În plus, utilizând seturi de date de exprimare a genelor disponibile publicului, am găsit expresia ACE2 reglată de estrogeni și androgeni, reprimată de citokine inflamatorii și diabet de tip II (T2D) în diferite țesuturi de șoarece și om și o corelație negativă puternică a expresiei ACE2 cu infecția virală, în special genele de răspuns la infecție cu virusul herpes simplex 1 în multe țesuturi de la diferiți indivizi .

Rezultate

Exprimarea ACE2 în diferite țesuturi de la indivizi umani.

Deoarece atât SARS, cât și CovID19 cauzează preferențial bărbați bătrâni 10,16,20 și cel mai răspândit în Asia de Est, am examinat dacă nivelurile de expresie ACE2 sunt diferite între bărbați și femei și între cele trei grupuri etnice majore. Dacă singura sa funcție este receptorul virusului, ne-am aștepta ca bărbații asiatici bătrâni să aibă cel mai înalt nivel de ACE2, dimpotrivă, am găsit printre țesuturile cu dimensiuni mari ale eșantionului și cu o expresie ridicată a ACE2, femelele asiatice au expresie ACE2 semnificativ mai mare în țesutul adipos , glanda suprarenală, inima și esofagul decât bărbații și comparativ cu alte grupuri etnice (Fig. 1a-d) și expresia ACE2 moderat mai mare în vasele de sânge, plămân, mușchi și ovar (Fig. 1e-h) (Metode). Deși tendința este evidentă, după corecția testelor multiple, doar țesutul adipos atinge un FDR <0,1. În toate grupurile etnice și pentru ambele sexe, expresia ACE2 scade în general cu vârsta în mod semnificativ sau nesemnificativ (Fig. 1 și Fig. 1 suplimentară, Metode). Deși numai probele caucaziene sunt suficient de mari pentru a detecta semnificația, este evident că scăderea dependentă de vârstă este mai semnificativă la bărbați decât la femei. De exemplu, expresia ACE2 scade semnificativ odată cu vârsta la nivelul colonului, sângelui și glandei suprarenale, creierului, nervului, adipozei și glandei salivare la bărbații caucazieni, dar o face doar în primele trei țesuturi la femele (Fig. 1 și Fig. Suplimentară 1) . Pentru colon, nerv, glandă salivară, adipos, sânge și creier, chiar și după corecția testelor multiple, scăderea dependentă de vârstă la bărbații caucazieni este semnificativă, dar rămâne semnificativă doar pentru colon la femei (FDR în Fig. 1 și Fig. Suplimentară 1) .Aceste modele sunt opuse unui efect inductiv al expresiei ACE2 ridicate la susceptibilitatea și severitatea infecției cu virusul. vârstă. Gena ACE2 umană este compusă în principal din două izoforme de 18 sau 19 exoni, cu izoforma mai lungă care conține un exon suplimentar la capătul 5 ’. Se știe că proteina coronavirus S se leagă de ACE2 la regiunile codificate în exonii 1, 2 și 8 din cea mai studiată izoformă de 18 exoni. Aici trimitem toate adnotările conform acestei izoforme de 18 exoni. Am analizat mai întâi modificarea cromatinei și factorul de transcripție (TF) care leagă profilurile ChIP-seq pentru a identifica regiunile cheie de reglare din -10kb a site-ului de început al transcripției (TSS) la + 10kb din site-ul de terminare a transcripției (TTS) al genei ACE2. În plus față de regiunea promotor marcată de hipersensibilitate H3K4me3 și DNAse I (regiunea de reglare R2), am identificat și patru site-uri asemănătoare amplificatorului marcate de H3K4me1, H3K27ac, hipersensibilitate DNAse I sau clustere de legare TF în amonte de TSS (R1), în aval de TTS (R5), între exonii 8 și 9 (R3) (care este cel mai puternic și cel mai omniprezent dintre diferitele tipuri de celule) și între 16 și 17 (R4), respectiv (Fig. 2a) (Metode). Am calculat apoi ACE2 eQTLs din datele GTEx pentru fiecare țesut din regiunea TSS-10kb până la regiunea TTS + 10kb a genei ACE2 (Metode). Deși eQTL-urile sunt calculate independent, ele formează 5 clustere, care corespund remarcabil celor 5 regiuni de reglementare. În special, două SNP raportate anterior (rs2074192 și rs2106809) care sunt asociate cu hipertensiunea ventriculului stâng (LVH) 21 cad în R1 la promotor și respectiv R4, sugerând că asocierea hipertensiunii SNP este mediată de efectele lor asupra genei ACE2 exprimarea și confirmarea suplimentară a rolului de reglare al acestor regiuni. Toate cele mai semnificative eQTL-uri din multe țesuturi, inclusiv creier, nerv, arteră, ovar, adipos și hepatic, au o frecvență alelică specifică (aproape de 100%) în estul asiaticilor și sunt toate corelate pozitiv cu o expresie ACE2 mai mare, indicativ al contribuțiilor lor la o expresie mai mare a ACE2 în Asia de Est (Tabelul 1). Acestea sunt aparent în concordanță cu expresia ACE2 semnificativ mai mare a femeilor din Asia de Est comparativ cu alte grupuri etnice independente de vârstă (Fig. 1). S-a raportat anterior că estrogenul este protector împotriva infecției cu SARS la șoareci 22. Am întrebat dacă expresia ACE2 este reglementată de estrogen sau androgen (testosteron). În mod interesant, printre aceste regiuni de reglare există multe motive de legare a receptorilor de estrogen și câteva motive de legare a receptorilor de androgeni. În special, R1 și R4 conțin clustere de multiple motive de legare ESR și mai multe mărci de amplificare specifice țesutului decât R3 mai omniprezent (Fig. 2a). Acestea implică faptul că o expresie mai mare a ACE2 ar fi putut fi selectată la femelele asiatice în mod persistent în multe țesuturi, dar într-o manieră specifică tipului de țesut sau celulă, potențial prin reglarea estrogenului. Reglarea expresiei ACE2 prin estrogen și androgen Pentru a testa dacă hormonii sexuali, care scad odată cu vârsta, pot regla expresia ACE2, am căutat în baza de date GEO seturi de date RNA-seq / microarray la tratamentul cu estrogeni sau androgeni. Dintre aceste date, am găsit că tratamentul cu estrogen crește semnificativ expresia ACE2 cu o medie de 1,274 log2 foldin timus de șoarece (GSE2889, p = 0,005, FDR = 0,028, Fig. 2b), în timp ce androgenul (testosteronul) crește expresia Ace2 în rinichiul de șoarece cu o media de 0,533 log2 ori (GSE47181, p = 0,017, FDR = 0,137, Fig. 2c). Interesant este faptul că bărbații transgender care au fost supuși terapiei cu estrogeni (estradiol) și terapiei cu deprivare a androgenilor (spirolactonă) timp de 1 an prezintă un nivel de expresie ACE2 semnificativ mai mare și mai multe celule care exprimă ACE2 printre celulele testiculului Sertoli (Fig. 2 suplimentar) Deoarece atât estrogenul cât și androgenul sunt bine cunoscuți că scad odată cu vârsta de 23 de ani, astfel aceste scăderi ar putea contribui la scăderea expresiei ACE2 peste vârstă, ceea ce ar putea fi în special cazul estrogenului. , cea mai îmbogățită cale transcorelată anticorelată cu ACE2 este infecția cu virusul Herpes simplex 1 (HSV1), în plămâni, este infecția cu virusul papilomului uman (HPV) (Fig. 3a, Fig. suplimentară 3). Genele legate de infecția cu virus corelate negativ cu expresia ACE2 în intestin, sân și ovar includ enzime de editare APOBEC ARN (adesea ARN viral) și cel mai vizibil multe ZNF (șocant toate sunt KRAB-ZNF care conțin domeniul KRAB represiv transcripțional), care se leagă direct de secvențele endovene de retrovirus (Tabelul 2 suplimentar). Cel puțin 3 KARB-ZNF se leagă direct de regiunea ACE2 R3 (Fig. Suplimentară 4). În mod curios, aceste gene sunt puternic corelate pozitiv exprimarea ACE2 în testicul și pancreas (tabelul suplimentar 2), dar nu și în celulele ductale ale pancreasului, unde cel mai semnificativ KEGG asociat negativ cu expresia ACE2 este din nou infecția cu virusul herpes (Fig. 5d-e suplimentară) . Deși prin legarea directă și consumul de ACE2, se așteaptă ca expresia proteinei ACE2 să scadă prin infecția cu SARS-CoV, așa cum sa raportat 24, este nedumeritor de ce infecția cu virusuri a celor care nu utilizează ACE2 ca receptor, precum HSV1, HIV sau HPV, prezintă orice sau corelație negativă cu expresia ACE2. Expresia proteinei ACE2 este reprimată de leziuni pulmonare cauzate de inhalarea acidă 8, H5N1 6 și H7N9 25 și șoarecii ACE2 KO s-au dovedit a fi mai sensibili la leziuni pulmonare cauzate de inhalarea acidă 8, H5N1 6, H7N9 7 și SARS-CoV 24.

Sistematic am găsit folosind un set de date microarray publicat anterior pe șoarecii pulmonari la infecția cu SARS-CoV, mRNA ACE2 este reglat în mod tranzitor la titrul scăzut al SARS-CoV, dar este reprimat la doze mai mari sau cu timpul după infecție, până în ziua 4 chiar și cea mai mică doză testată a suprimat expresia ACE2 3b). S-a arătat că furtuna de sincecitokină subliniază severitatea infecției 10,13, dacă unele dintre citokinele exprimate diferențial între pacienții cu simptome ușoare și severe pot suprima expresia ACE2. Acestea includ creșterea semnificativă a IL-2, IL-7, IL-10, G-CSF, IP-10, MCP-1, MIP-1a și TNF-la pacienții cu simptome severe 10. Am constatat că folosim expresia publică a genei date, IL-7 a scăzut semnificativ expresia Ace2 în celulele CD4 de șoarece (GSE86542, logFC = -1,386, p = 0,038, FDR = 0,282) și IL-2 a scăzut expresia Ace2 în celulele Treg induse de la șoarecii bicistronici Foxp3 / EGFP (GSE14415, logFC = -0,962, p = 0,0003, FDR = 0,023) (Fig. 3c și d). Deoarece T2D este extrem de asociat cu fatalitatea CoVID-19 26, am comparat expresia ACE2 la T2D comparativ cu subiecții umani de control. Interesant, expresia ACE2 este semnificativ scăzută la cel puțin la țesutul adipos feminin și la mușchiul masculin la pacienții cu T2D (Fig. Suplimentară 5a și b). O singură celulă de date ARN-seq a arătat că ACE2 este exprimat în celulele ductale ale pancreasului (Fig. 3e-g și Fig. Suplimentară 5), și atât expresia ACE2, cât și fracția de celule ACE2 + dintre toate celulele ductale și scad semnificativ la pacienții cu T2D ( GSE83139, p = 0,00047 și respectiv 0,0032). Fracțiunea celulelor ACE2 + scade ușor odată cu vârsta, în timp ce expresia medie ACE2 per celulă ductală ACE2 + este în mare parte neschimbată odată cu vârsta, dar scade în T2D (p = 0,00901, Fig. 3f). Acestea sugerează că rezultă și T2D sau inflamația sa asociată. la nivelul bazal scăzut al expresiei ACE2. Luate împreună, rezultatele noastre implică faptul că expresia sau rezerva scăzută a ACE2 la o persoană poate contribui la progresia CoVID-19 la un stadiu sever sau fatal, în concordanță cu rapoartele anterioare că ACE2 knock out precipită H5N1, H7N9 și leziuni pulmonare induse de acid 6-8,24. Discuție În rezumat, prin integrarea datelor publice de genomică, epigenomică și transcriptomică, am examinat dacă variația expresiei genei ACE2 a receptorului SARS-CoV2 în diferite țesuturi de la indivizi poate explica diferențele în sensibilitatea și rezultatul infecției. Descoperirile noastre sunt contrare așteptărilor de la ACE2 ca fiind doar un receptor pentru virus, în schimb, nivelul său de expresie este ridicat la femeile și tinerii asiatici (Fig. 1 și Tabelul 1), cei despre care se știe că sunt mai puțin sensibili și chiar mai puțin cauzate de rezultatul sever sau fatal, în timp ce este scăzut la bărbați, scad în continuare odată cu vârsta și T2D, cei care sunt cel mai susceptibili la rezultatul rău (Fig. 1 și 3), sugerând la nivel de populație o corelație negativă între expresia ACE2 și Severitate și fatalitate CovID19. La nivel molecular, am găsit gene anti-exprimate ACE2 în majoritatea țesuturilor și celulelor sunt foarte îmbogățite pentru căile de infecție cu virus (Fig. 3a), estrogenul puternic și androgenul cresc moderat expresia ACE2 la șoareci și umantisuri (Fig. 2), în timp ce severa indusă de CoVID-19 IL-2 și IL7 reprimă expresia ACE2 în celulele T de șoarece, iar T2D a redus expresia ACE2 și celulele care exprimă ACE2 în țesuturile umane (Fig. 3). Efectul estrogenului, androgenului și citokinelor se reflectă pe grupurile de receptori de estrogen și androgen, STAT5, JUN, MYC și alte TF care se leagă la regiunile de reglementare ACE2, unde QTL-urile hipertensiunii și marea majoritate a ACE2 eQTL sunt, de asemenea, mapate.

În cele din urmă, ca eQTL-uri care prezintă cea mai mare alelă (6) penetrarea în Asia de Est și, de asemenea, cele mai puternice eQTL-uri pozitive la expresia ACE2 (Tabelul 1), diferențele de expresie ACE2 între grupurile etnice sunt într-adevăr codificate genetic, ceea ce poate contribui, de asemenea, la diferențele în rezultatul infecției cu SARS-CoV2. Rezultatele noastre au stabilit un contra argument împotriva speculațiilor că ACE2 ridicat este un vinovat în rezultatul CoVID-19 și, dimpotrivă, susține un rol protector al expresiei ACE2 ridicată împotriva fatalității SARS-CoV2 (Fig. 3h). Nivelul bazal excepțional ridicat de ACE2 la femelele asiatice (Fig. 1) și eQTL-urile ACE2 puternic pozitive în Asia de Est (Tabelul 1) sugerează că femeile asiatice ar putea fi mai protejate împotriva SARS-CoV și SARS-CoV2 simptome severe, mai degrabă decât masculii fiind mai susceptibili. Deși am analizat mii de eșantioane, dimensiunile eșantioanelor asiatice și eșantioanelor pentru unele țesuturi sunt încă mici comparativ cu altele, rămâne de văzut dacă eșantioanele mai mari vor dezvălui modele similare în viitor, când vor fi disponibile mai multe date. Reprimarea ACE2 ar putea fi contracarată de un nivel mai înalt de ACE2 bazal, care este inductibil de niveluri mai ridicate de hormoni sexuali (care scad odată cu vârsta) și reprimate de inflamații sistemice (care cresc odată cu vârsta și bolile cronice) (Fig. 2 și 3). Pentru SARS-CoV2, scăderea ACE2 ar putea fi în continuare agravată de legarea directă și consumul de proteină ACE2 de către virus. Înainte de disponibilitatea unui vaccin eficient pentru prevenirea infecției cu SARS-CoV2, o sarcină majoră este de a înțelege variațiile gravității și fatalității infecției la populațiile umane, la care ACE2 ar putea fi unul dintre contribuabili. Din fericire, activitatea scăzută ACE2 poate fi salvată prin amortizarea țintelor din aval reglementate negativ, cum ar fi angiotensina II sau receptorii săi, cum ar fi antagonistul angiotensinei II losartan 27. Metode Date și analiză privind expresia genei GTEx Datele genei TPM au fost obținute de la portalul GTEx și numărul de acces dbGaP phs000424.v8.p2. Meta date (informații etnice și sexuale) au fost obținute din phs000424.v8.pht002742.v8.p2.c1.GTEx_Subject_Phenotypes.GRU.txt. Pentru fiecare țesut cu mai mult de 20 de probe (27 de țesuturi în total), au fost obținute analize de regresie liniară și teste de semnificație a expresiei ACE2 la vârstă la bărbați și femei din cele trei grupuri etnice prin testul lm (Expresie ~ vârstă) și testul t. alții) în R. Testarea multiplă BH corectat FDR al valorilor p-test t și regresia liniară valorile p au fost obținute prin p.adjust (pvalues, method = „fdr”) în R pe baza tuturor celor 27 de țesuturi testate. Graficele de împrăștiere au fost reprezentate grafic prin pachetul R „ggplot2”. 19 țesuturi cu mai mult de 10 probe ACE2 pozitive (log2 (TPM + 1) ≥ 2) au fost utilizate pentru a calcula expresia PCC între fiecare genă și ACE2. În fiecare țesut, genele clasificate de PCC au fost utilizate pentru a testa îmbogățirea căii KEGG de către GSEA. Calculul eQTL-urilor ACE2 SNPs de +/- 10kb de ACE2 au fost selectate din dbSNP build 150. Aceste SNP au fost folosit pentru a calcula eQTL-urile pentru toate țesuturile GTEx prin „Calculatorul eQTL” de la GTEx. S-au reținut eQTL-uri cu valoare p <0,01. Frecvențele alelelor populației au fost obținute din 1000 de genomi, faza 3.

Vizualizarea urmăririi browserului genomului UCSC al regiunilor de reglementare a genei ACE2 (7) Gena ACE2 (incluzând +/- 10kb din întreaga genă). În paralel, am adăugat pista de eQTL-uri care are o diferență mare între populații, toate eQTL-urile pe ACE2 și adnotarea funcțională a genei ACE2 (inclusiv regiunea de legare a motivelor deduse din ESR1, ESR2 și AR, calculată de FIMO din suita MEME cu setări implicite, și site-uri de interacțiune deduse cu glicoproteina SARS-Cov din baza de date UniProt). Date publice pentru efectul perturbării asupra expresiei Ace2 Baza de date GEO a fost căutată pentru perturbații, inclusiv estrogen, androgen, testosteron, IL-2, IL-7, IL-10, G-CSF, IP-10, MCP-1, MIP-1a și TNF-α conform la expresia semnificativ diferențiată dintre pacienții cu simptome ușoare și severe 10, atât pe țesut uman, cât și pe șoarece, sau pe linii celulare normale. Schimbare Log2 ori (logFC) în raport cu controalele, p și FDR (valoarea p ajustată prin corecție BH) au fost calculate utilizând scriptul GEO2R R și vizualizate. Pentru platformă există mai multe sonde sau mai multe setări experimentale pentru Ace2, este afișat cel cu cel mai mic p. Microportul de infecție SARS-CoV pulmonar de șoarece a fost descărcat din baza de date GEO (GSE33266) și au fost vizualizate nivelurile de expresie log2. Analiza expresiei ACE2 în celulele ductale Setul de date GEO (GSE83139) a fost utilizat pentru analiză. Programul Seurat (https://satijalab.org/seurat/, v.3.1.4) a fost utilizat pentru a citi o matrice combinată genă-cod de bare a tuturor probelor. Fiecare probă a fost filtrată și normalizată cu setările implicite. Mai exact, celulele au fost reținute numai dacă conțineau> 200 de gene exprimate și au avut citiri <25% mapate la genomul mitocondrial. Analizele t-SNE și clustering au fost efectuate pe datele combinate folosind primele 2.500 de gene foarte variabile și 1-15 PC-uri, care au prezentat cele mai semnificative valori p. Nivelul de expresie a genelor foarte variabile din celule a fost scalat și centrat pentru fiecare genă, apoi utilizat pentru graficul t-SNE. Analiza expresiei ACE2 în testicul uman Seturile de date GEO (GSE134144, GSE112013) au fost utilizate pentru analiza bioinformatică. Am folosit Sctransform (https://satijalab.org/seurat/v3.0/sctransform_vignette.html,v0.2.1) pentru a fuziona, normaliza și stabiliza varianța tehnică a zgomotului numărului UMI înainte de datele probelor pentru adulți, adolescenți și transgender. Fiecare experiment a fost filtrat și normalizat cu setările implicite. Mai exact, celulele au fost reținute numai dacă conțineau> 500 de gene exprimate și au avut citiri <25% mapate la genomul mitocondrial. 19.240 celule testiculare au fost reținute pentru analiză în aval. Reducerea dimensiunii prin Seurat și Monocle (https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/,v2.14.0) au fost utilizate pentru vizualizare și explorare suplimentară a rezultatelor. Mulțumiri Această lucrare a fost susținută de subvenții de la Fundația Națională pentru Științe Naturale din China (91749205) și Ministerul Chinei pentru Știință și Tehnologie (2016YFE0108700) către J.D.J.H. Mulțumim Fan Lan și Minghong Zhu pentru sugestii.

Alte studii inrudite aici.

Despre
Ultimele Postari

Vino cu mine

Daniel Ganea

Medic la ConsultatiiLaDomiciliu.ro

"Prin site-ul ConsultatiiLaDomiciliu.ro vreau să fiu mai aproape de pacienții mei."
Dr. Daniel Ganea este "Doctorul tău", Medic Specialist Medic de familie, medic rezident cardiologie, cu Competență în Ecografie și a scris numeroase articole pentru pacienți.
A început cariera ca medic specialist în 2009 în Urgență, a lucrat și pe Ambulanță, aflând ce-și doresc de la medic pacienții care solicită online consultații medicale cu medic specialist la domiciliu. Astfel a aparut ConsultatiiLaDomiciliu.ro

Programează consultație
"Cine te poate sfatui mai bine decat medicul, specialist in domeniul lui?"

Vino cu mine

Ultimele postari ale lui Daniel Ganea (vezi toate)